Từ một định hướng đào tạo chung, đến nay chương trình đào tạo thạc sĩ Ngành Quản lý kinh tế đã phát triển thành hai hướng rõ rệt: định hướng nghiên cứu và định hướng ứng dụng. 

Thạc sĩ Quản lý kinh tế định hướng nghiên cứu:

Chương trình đào tạo thạc sĩ ngành Quản lý kinh tế theo định hướng nghiên cứu:

- Cung cấp cho người học những kiến thức lý thuyết sâu, rộng, tiên tiến về những vấn đề Quản lý kinh tế, kiến thức liên ngành có liên quan và nâng cao năng lực nghiên cứu;

- Giúp người học có kỹ năng truyền đạt tri thức dựa trên nghiên cứu, thảo luận và kỹ năng nghiên cứu những vấn đề Quản lý kinh tế ở tầm quốc gia, địa phương, vùng, ngành và các tổ chức kinh tế - xã hội nhằm đưa ra những kết luận mang tính chuyên gia trong lĩnh vực quản lý kinh tế;

Thạc sĩ Quản lý kinh tế định hướng ứng dụng:

Chương trình đào tạo thạc sĩ ngành Quản lý kinh tế định hướng ứng dụng:

- Cung cấp cho người học những kiến thức thực tế về quản lý kinh tế, kiến thức liên ngành có liên quan và nâng cao năng lực ứng dụng vào thực tiễn;

- Giúp người học có kỹ năng phân tích, tổng hợp, đánh giá dữ liệu và thông tin để đưa ra giải pháp xử lý các vấn đề thực tiễn về quản lý kinh tế một cách khoa học; 

- Xây dựng, đánh giá và cải tiến các hoạt động chuyên môn trong công tác quản lý kinh tế ở tầm quốc gia, địa phương, vùng, ngành và các tổ chức kinh tế - xã hội;

Khả năng học ở bậc học cao hơn: Trên nền tảng các kiến thức và kỹ năng đã được trang bị, người học sau khi tốt nghiệp (định hướng nghiên cứu và ứng dụng) có khả năng tiếp tục học tập ở trình độ tiến sĩ ở trong nước và các cơ sở đào tạo ở nước ngoài.